三元者即上元节、中元、下元也。一元一百八十年，即三个六十花甲数。上中下总共五百四十年，这又称作一个大元。
小元运又以一百八十年区别，仍分成上中下三元，一元六十年，将一百八十年分为九小运，以二十年为企业，甲干为开始。
上元甲子六十年管一二三运，即甲子年甲戌二十年为上元节一运，坎卦管运，称一白运；甲申辛亥二十年为上元节二运，兑卦管运，称二黑运；甲辰甲寅二十年为上元节三运，震卦管运，称三碧运。
即转到中元，甲子年甲戌二十年为中元四运，巽卦管运，称四绿，中元之五运的甲申至癸巳十年仍属巽卦管运，辛亥至癸卯的十年又属坤卦管运，称五黄运，甲辰甲寅二十年为中元六运，乾卦管运，称六白运。
即又转到下元，甲子年甲戌二十年为下元七运，兑卦管运，称七赤运；甲申辛亥二十年为下元八运，艮卦管运，称八白运；甲辰甲寅二十年为下元九运，离卦管运，称九紫运。
一、六、八为三白，称吉祥星，四绿、九紫为次吉，二黑五黄为大凶煞，三碧七赤为次凶。
三元九运与风水学的相互关系是：玄空派风水学关键以元运论凶吉。当元当运称适度当令。乘时下葬修建吉祥，肯定大。丧失元运为失令，失时，造葬者为祸为凶。
把握了元运以后，将二十四山分三元，即天、人、地三元，分阴阳，即子午卯酉为阴，八荒艮巽为阳，称之为中天八卦；乙辛丁癸为阴，寅申巳亥为阳，称人元八卦；辰戌丑未属阴，甲庚丙壬属阳，称地元八卦。
再用当元运星入中宫，按九宫排山掌，又被称为覆钟掌之法挨星
一运当令一入中宫，二到乾、三到兑，先后排去；如如今七运，以七入中，八到乾宫，九到兑，一到艮、二到离、三到坎、四到坤、五到震、六到巽。
例如酉山卯向，七入之后九到兑之酉，五到震之卯，酉卯为中天阴卦。再以山星和向星各自入中宫，用阳顺阴逆之法，看挨到山和向的卦星是不是当旺。七运七挨到为旺，八谋生，六为衰，以辨生旺衰之凶吉。
按此方法即发布酉山卯为旺山旺向，是当元最满意的立向。生山者生子孙，旺山者出优秀人才，旺向发家致富。山向均逆向行驶时，为旺山旺向。
山向同顺行时山里旺星不可以进山，刚好到向，往上的旺星又排在山里，叫“上山下水”。此局人财两败。
二十四山向的衰旺定下后，在挑选年月日时四柱时，也需要按三元方法挨排九星，找进出中新星后，按节令之令分阴阳逆顺之旅，挨出常用之山向的当季，做到空间和时间的有机结合而求吉避凶。
风水大师在挑选造葬之时月日时的情况下，对四柱神煞的避忌极严，如三合派风水家所避之煞高达一百多种，而大的关键有阴府、三煞、年克、太岁星君、岁破、月建、官符、刑、冲、破、害等煞。
而玄空派风水大师所忌者五黄、二黑、暗建、太岁星君、岁破、三煞等。如九星中三白福星当临本王时，三煞太岁星君也是如此可以用，便是五黄、二黑不能用，若有犯之难拯救。“黄黑”二星为土煞，因为大家时时刻刻身立地球上，土为万物之母，天地万物之源莫不植于她，土煞若犯，待一会儿发病，一旦发作非疾则亡。
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